Agia Pelagia propose une variété de sites de plongée, qui sont idéaux pour les plongeurs expérimentés et inexpérimentés, pour la formation à la plongée sous-marine et pour les plongées de nuit. Les récifs commencent à 3 mètres et peuvent atteindre 40 mètres de profondeur, formant des "montagnes" sous-marines avec des canyons, des pentes et de nombreuses traversées. Cette zone peut abriter de nombreuses espèces méditerranéennes de toutes tailles, ainsi que des phoques, des tortues caouannes (caretta caretta) et parfois des dauphins.
Agia Pelagia est accessible en voiture, en bus ou en taxi et se trouve à seulement 22 km d'Héraklion et à 26 km de l'aéroport d'Héraklion. La seule route qui vous mène à Agia Pelagia est l'autoroute, donc les conditions routières sont excellentes, sans gravier ni routes non pavées.
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