L'île de Malpelo est formée de roches volcaniques et sa surface est couverte de lichens, de mousses et d'algues.
La scolarisation des requins-marteaux festonnés est un point culminant sur l'île de Malpelo, en particulier sur le site de plongée de La Nevara. Parfois vus dans des bancs de 200 requins, ils peuvent également être associés à des bancs encore plus grands de requins soyeux. Ils viennent aux stations de nettoyage pour se nourrir, alors attendez-vous à voir aussi beaucoup de poissons-papillons. Ces stations de nettoyage et les eaux riches en nutriments attirent également de doux géants comme les raies manta océaniques et les requins baleines.
Les observations de requins baleines sont fréquentes vers le nord de l'île de Malpelo. Les sites de plongée autour de l'île présentent principalement des parois abruptes et des pinacles alors que l'île s'élève d'une crête sous-marine. Il y a aussi des cavernes et des fonds sablonneux à explorer.
La température de l'eau est généralement chaude à 79-82 ° F (26-28 ° C), mais au début de l'année, elle peut faire froid avec une plage de 61-77 ° F (16-25 ° C). La remontée de l'océan froid causée par des vents violents ramène plus de plancton à la surface.
Le plancton peut réduire la visibilité à 33 pieds (10 m) par rapport aux 100 pieds (30 m) habituels, mais cela en vaut la peine étant donné la vie marine abondante autour de l'île.