Les plus grandes attractions de plongée sous-marine en Macédoine sont les lacs d'Ohrid et de Presba, situés juste à côté de l'autre à la limite sud-ouest du pays, aux frontières de l'Albanie et de la Grèce.
Le lac d'Ohrid est probablement le lac le plus populaire pour la plongée en Macédoine. Vous trouverez de nombreux poissons, une flore intéressante et des sites archéologiques à explorer et à apprécier. Ce lac est fortement recommandé.
Treska est en fait une rivière mais très intéressante. Il existe de superbes sites de plongée situés près de la grotte de Vrelo, l'une des grottes sous-marines les plus profondes du monde. La biologie de cette rivière est très riche, ce qui en fait un endroit idéal pour les amateurs de photographie sous-marine.