Het eiland Malpelo wordt gevormd door vulkanisch gesteente en het oppervlak is bedekt met korstmossen, mossen en algen.
Het scholen van geschulpte hamerhaaien is een hoogtepunt op Malpelo Island, vooral op de duiklocatie La Nevara. Soms worden ze gezien in scholen van 200 haaien, maar ze kunnen ook worden vergezeld door nog grotere scholen zijdehaaien. Ze komen naar schoonmaakstations om te eten, dus verwacht ook veel vlindervissen. Deze reinigingsstations en de voedselrijke wateren trekken ook vriendelijke reuzen aan, zoals oceanische mantaroggen en walvishaaien.
In het noorden van het eiland Malpelo worden regelmatig walvishaaien waargenomen. Duikplekken rond het eiland hebben meestal steile wanden en pinakels terwijl het eiland oprijst uit een onderzeese bergkam. Er zijn ook grotten en enkele zandbodems om te verkennen.
De watertemperatuur is meestal warm bij 26-28 ° C (79-82 ° F), maar aan het begin van het jaar kan het koud worden met een bereik van 16-25 ° C (61-77 ° F). Koude opwelling van de oceaan veroorzaakt door sterke wind brengt meer plankton naar de oppervlakte.
Het plankton kan het zicht verminderen tot 33ft (10m) van de gebruikelijke 100ft (30m), maar het is de moeite waard gezien het overvloedige zeeleven rond het eiland.