L'isola di Malpelo è formata da roccia vulcanica e la sua superficie è ricoperta di licheni, muschi e alghe.
La scuola di squali martello smerlati è un punto culminante dell'isola di Malpelo, soprattutto nel sito di immersione di La Nevara. A volte visti in banchi di 200 squali, possono anche essere uniti a banchi ancora più grandi di squali seta. Vengono nelle stazioni di pulizia per nutrirsi, quindi aspettati di vedere anche molti pesci farfalla. Queste stazioni di pulizia e le acque ricche di sostanze nutritive attirano anche giganti gentili come le mante oceaniche e gli squali balena.
Gli avvistamenti di squali balena sono frequenti verso il nord dell'isola di Malpelo. I siti di immersione intorno all'isola presentano pareti per lo più ripide e pinnacoli mentre l'isola si alza da una cresta sottomarina. Ci sono anche caverne e alcuni fondali sabbiosi da esplorare.
La temperatura dell'acqua è solitamente calda a 26-28 ° C (79-82 ° F) ma all'inizio dell'anno può diventare fredda con una gamma di 16-25 ° C (61-77 ° F). Il rigurgito oceanico freddo causato da forti venti porta più plancton in superficie.
Il plancton può ridurre la visibilità a 33 piedi (10 m) dai soliti 100 piedi (30 m), ma ne vale la pena data l'abbondante vita marina intorno all'isola.