Los excelentes sistemas de arrecifes atraen a buceadores de todo el mundo, y las islas se han convertido en un verdadero hervidero de actividad de buceo.
Parte de la segunda barrera de coral más grande del mundo, la Barrera de Coral Mesoamericana, las islas de Roatán y Utila en particular presentan corales vibrantes, peces tropicales multicolores, esponjas del tamaño de refrigeradores y especies pelágicas. Es posible que vea mantarrayas, tortugas marinas y, especialmente desde mediados de febrero hasta abril, tiburones ballena. Los arrecifes aquí son más diversos que las selvas tropicales.
La isla de Roatán es un lugar de peregrinaje para los buceadores que visitan Centroamérica. Mary's Place es ampliamente reconocida como un sitio de buceo favorito de la zona, con cañones estrechos y abundante vida silvestre. El coral negro y los enormes abanicos de mar ondeando se esconden en las interminables grietas.