Jutholmsvraket är även känt för att det under ett tidigt skede på 1960-talet återupptäcktes och man började göra intensiva marinarkeologiska utgrävningar。 Man tömde vraket och kastade ut allt man inte ville behålla tillbaks i sjön。 Trots detta finsn det mycket att se på vraket än idag, dels skeppsbyggardetaljer men även lösa artefakter。 Väl värt att ta sig en simtur en bit ifrån vraket。 Omkring ligger glasskärvor, keramik och rester av många århundraden i farleden mellan Jutholmen och Dalarö。 Många föremål har bärgats från vraket och ofta när man besöker någon form av utställning om vrak i Östersjön så finns det något från Jutholmsvraket där。 Vraket ligger på 12 m djup。 Skeppet är 25 m långt och 5 m brett och byggt i ek。