馬爾佩洛島由火山岩形成,其表面覆蓋著地衣,苔蘚和藻類。
在Malpelo島,尤其是在La Nevara潛水地點,教育扇貝形雙hammer鯊是一大亮點。有時在200個鯊魚的流派中可以看到,它們甚至可以與更大的柔滑鯊魚派一起出現。他們來到清潔站餵食,因此也希望看到很多蝴蝶魚。這些清潔站和營養豐富的水域還吸引著溫柔的巨人,如大洋蝠man和鯨鯊。
在馬爾佩洛島北部經常發現鯨鯊。隨著島嶼從海底山脊升起,島嶼周圍的潛水地點大多具有陡峭的牆壁和尖峰。也有山洞和一些沙質底蘊可供探索。
水溫通常在79-82°F(26-28°C)時溫暖,但在年初時,溫度會變冷,溫度範圍為61-77°F(16-25°C)。強風引起的海洋冷漲潮使浮游生物浮出水面。
浮游生物可以將能見度從通常的100英尺(30m)降低到33英尺(10m),但考慮到該島周圍豐富的海洋生物,這是值得的。