La saison de plongée en Indonésie est ouverte toute l'année grâce au nombre d'îles et de zones de plongée. Les bateaux de plongée à Komodo et à Bali sont ouverts toute l'année, mais sont les plus demandés d'avril à novembre. Les conditions météorologiques font que la saison de plongée du Raja Ampat va d'octobre à avril et la plupart des opérateurs n'offrent pas de croisière de plongée en dehors de ces périodes, préférant se rendre à la baie de Cenderawasih. Raja Ampat et Cenderawasih Bay ont la chance d'avoir des requins baleines toute l'année.
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